江南贡院位于夫子庙之东，是整个夫子庙建筑群的一部分，始建于南宋孝宗乾道四年(1169年)，当时叫做建康贡院，是县府学考试场所。占地规模不大，应考人数也不多。明太祖定都南京后，乡试、会试集中在南京进行，因此，县学、府学必须另建考棚(下江考棚建在门东边营，原为江宁县县学考场；鸡鸣山麓的考棚是上元县县学的考场)。明成祖永乐十九年(1421年)，国都北迁以后，南京仍为陪都，而江南又是人文荟萃之地，考试仍按期举行。明代中叶和清代，贡院均有扩建。到清光绪年间，占地相当广大,东起姚家巷，北至奇望街(今建康路)，西与夫子庙毗邻，正门在现在秦淮剧场大门前面。其间考生号舍两万四百多座，主考、典试、监临、监试及职事人等的官房数百间，规模之大，占地之广，除北京外，为全国各省乡试考场之冠。今日市中医院南大门的“明远楼”就是江南贡院的中心。每临考试之期，执事官员驻此发号施令，并负责警戒。明代的明远楼为三层，四面皆有窗户，居高临下，昼夜值班嘹望，以防考生私自走动及执役人等有无代为传递舞弊。另外，贡院围墙四隅也各筑“瞭望楼”以助观察。

    在明代，江苏、安徽是南京近畿，清初称“江南省”，康熙时始划分苏、皖两省，而政治、军事还是一体，乡试仍沿用明制，两省举子都来南京应试。所以，东南贡院的名称一直保留。举子来南京应试，不是各县所有的秀才、廪生都可以参加考试，而是要事先通过预试录取的。开科这年二月，安徽省的考生到上江考棚(现市立六中)；江苏省的考生到下江考棚(现市立第一医院)。三天三场考试及格，领取乡试文凭，方可参加乡试；乡试等于现在省考，也是三年大选一次。江南乡试多于秋季举行，所以又叫“秋闱”。每闱三场，每场三昼夜。炊煮茶饭完全由考生自理。号舍一律南向成排，一个字号长的近百间，短的也有五、六十间。两排之间留约四尺宽的长巷，巷口门头大书某字号，备置号灯和水缸。举子按号入座，号舍无门，自备油布作门帘以防风雨；号舍内宽三尺，长四尺，伸手可及屋檐。离地一、二尺的墙上有槽，两块木板可以抽动。白天上层木板作案写作，下层木板可坐；夜晚抽下上层木板并下层当床。的确是非常艰苦。而科举这条路又是非常狭窄的，能够由此显贵的毕竟只是少数，大多数学子终身徘徊于殿堂之外，皓首穷年，磋砣一世。但也有富家子弟，自知功力不济，难以问津，索性玩个痛快；更有利用圣谕“凡举子赴京应试，沿途关卡免验放行”的机会，贩运大批货物，偷漏关税，到南京寻花问柳，游乐一番，然后又带货而归。所以，南京每届大比之年，市面热闹非常，贡院周围和夫子庙一带摊贩栉比，行人熙熙攘攘，犹如过年。

民国七年(1918年)，因科举久停，贡院空废，政府决定拆除，辟为市场，遂成为夫子庙的闹市区。现在，贡院原建筑仅存一座“明远楼”。近年来，政府拨款在楼后仿建一小型“贡院”，供游人参观了解。