位于秦淮河畔的夫子庙，始建于东晋成帝司马衍咸康三年(337年)，根据王导提议“治国以培育人材为重”，立太学于秦淮河南岸。当年只有学宫，并未建孔庙。孔庙是宋仁宗景祐元年(1034年)就东晋学宫扩建而成的。因为祭奉的是孔夫子，故又称夫子庙。在学宫的前面建孔庙，目的是在于希望士子遵循先圣先贤之道，接受封建教化。南宋建炎年间遭兵火焚毁；绍兴九年(1139年)又重建，称建康府学。元朝改为集庆路学。明初为国子学，将上元、江宁两县学并入，其后再毁再建。清初府学迁原国子监，便将夫子庙原府学故地改为上元、江宁两县的县学。咸丰年间再次毁于兵火；同治八年(1869年)重建。

    夫子庙不仅是明清时期南京的文教中心，同时也是居东南各省之冠的文教建筑群。前面以秦淮河为泮池，南岸有全国最长的照壁。照壁建于明万历三年(1575年)，现经过修葺，已重现当年风采。泮池边的石栏为明正德九年1514年所建，现也修饰完整。东有奎光阁，西有聚星亭，象征文风昌盛；庙前广场东西两侧立石柱，上书“文武大臣至此下马”，以示对“至圣文宣王”的崇敬之意。庙门前有“天下文枢”柏木牌坊一座，牌坊后面为“棂星门”，系丈余高石牌坊，六柱三门，中门刻有“棂星门”三字篆文。三门之间嵌有牡丹砖刻浮雕，柱头皆有云雕，形即华表。这是帝王出巡朝圣祀孔的通道，非一般官员百姓所能出入的。平日用木栅栏封闭。入棂星门，东西两侧各有持敬门，中间为大成门，又称戟门。在封建时代，每逢朔、望(农历初一、十五)朝圣和春秋祭典，府县官员、教谕、训导学教官由大成门进，士子走持敬门，不得逾矩。下阶为丹墀，东西并立三碑，东为元至顺二年(1331年)封至圣夫人碑，西为四亚圣碑，再西为清康熙修学宫碑记。丹墀左右为两庑，外有走廊通正殿。两庑供奉孔门的七十二贤人牌位。正中是为“大成殿”，外有露台，是春秋祭奠时舞乐之地，三面环以石栏，四角设有紫铜燎炉，燃桐油火炬，祭祀多在午夜子时，光如白昼。殿内正中供奉“大成至圣先师孔之位”，左右配享四亚圣——颜回、曾参、孟轲、孔仅。殿的东边有小门通学宫。孔庙院墙与学宫之间，东西北三面有宽畅的通道，曾种植几百棵柏树，古木参天，郁郁苍苍。那时，在庙外的文德桥上凭栏眺望，大成殿的黄色琉璃瓦屋顶在绿荫丛中显得金碧辉煌，雄伟壮观。殿后为“明德堂”，相传匾额为南宋文天祥楷书，后由曾国藩改为篆书。堂后为“尊经阁”，阁原为教谕讲课讲堂，楼上藏有大量儒教典籍的刻板和诸多圣贤画像。清嘉庆年间又遭战火破坏。清同治八年(1869年)曾国藩、李鸿章二人相继重修扩建，恢复旧貌。然而，孔庙的主要建筑均于1937年毁于日本侵略军的炮火。解放后，原学宫部分作为秦淮区人民游乐场，“名宦乡贤祠”则改为夫子庙小学；大成殿遗址辟为夫子庙广场。“文化大革命”中，剩余建筑又遭破坏。1983年，政府拨款重建夫子庙古建筑群，主体建筑大致恢复旧貌。

     现在的夫子庙，已成为富有明清建筑风格的十里秦淮风光带上的一个重要景点。它以大成殿为中心，南北成一轴线，左右建筑对称，占地约26 300平方米。现已列为市级文物保护单位。